Hace mucho en el año 1536, Pizarro y Quinientos de sus Soldados se iban a enfrentar a Veinticinco mil Guerreros nativos quienes pensaban apoderarse del centro de la ciudad, sin embargo cada vez que intentaban cruzar el Río Rímac, era arrasados por la fuerte corriente y perecían en el acto. Por motivos desconocidos el 14 de Setiembre en la mañana, día de la fiesta de la Exaltación de la Cruz, los Guerreros nativos se retiraron. Los Españoles contentos gritaron: "¡Milagro de San Cristóbal!" y tras esto, organizaron una caminata hacia la cumbre del Cerro donde construyeron una Capilla y colocaron una enorme Cruz de madera. Sin embargo poco después, la Cruz fue derribada por otro grupo de Indígenas.
Con el pasar del tiempo se llevó una gran batalla entre ambos, y cuando Francisco y sus hombres ganaron, él ordenó: "Que se ponga él otra cruz como la que los Indios nos quitaron". Fue así que el Cerro pasó a llamarse "San Cristobal" porque en ese día se gano la batalla.
Mucho tiempo después, en el año 1746 la Capilla fue destruida a causa de un Terremoto. En el gobierno del Presidente José Balta, la Cruz fue sustituida por una hecha de fierro colado y media unos veinte metros de altura; tan grande que se veía desde cualquier punto del centro Histórico. Su creador fue el Párroco Francisco Aramburú del Convento de los Descalzos, luego fue inaugurada y bendecida el veintitrés de diciembre del año 1928.
Según cuentan, Francisco Aramburú tuvo un sueño revelador de la Cruz que decía: "Desde la celda he visto totalmente iluminada la cruz del cerro." Ésto le contó a su amigo cercano el ese entonces Presidente Augusto B. Leguía al día siguiente. Tiempo después el Primer Mandatario colocó a la Cruz unos 20 potentes focos y luego planeó convertirlo en el mirador más alto de Lima.
Se dice que mucho antes de la Conquista, los antiguos Peruanos subían a la cima del Cerro para ofrecer ofrendas y sacrificios a sus dioses, por otro lado los Españoles y sus Misioneros lo hacían rezando el Vía Crucis y rememorando las estaciones de Jesús. Hoy en día, la tradición continua con los Religiosos del Convento de los Descalzos respetando la fecha de inicio, el primer domingo de Mayo. El Párroco Francisco Aramburú fue quien organizó la primera la primera peregrinación a la cruz del Cerro San Cristóbal allá por el año de 1928.